منابع این صندوق از محل منابع حاصل از واگذاری زمین های موضوع این قانون و منابع وصولی مربوط به اجاره ۹۹ ساله، مالیات های مرتبط با حوزه زمین، مسکن، مستغلات و ساختمان، منابع پیش بینی شده برای بخش مسکن در قوانین بودجه سنواتی، منابع حاصل از بازگشت اصل و فرع خطوط اعتباری مسکن مهر، اقساط برگشتی صندوق پس انداز مسکن یکم در هر سال، کمک های خیرین و سایر منابعی که در اساسنامه صندوق پیش بینی شده، تأمین می‌شود و به مصارف صندوق از جمله یارانه سود تسهیلات، تخفیف در هزینه صدور و تمدید پروانه ساختمانی، گواهی پایان کار ساختمان، هزینه های تأمین و انتقال زیرساخت و مشارکت در ایجاد امکانات، خدمات روبنایی و کاربری های غیرانتفاعی (آموزشی، مذهبی، درمانی، فضای سبز، فرهنگی، ورزشی و تجهیزات شهری) در توسعه شهری ایجادشده مطابق با الگوی مصوب شورای عالی مسکن برای طرح (پروژه) های مسکونی موضوع این قانون اختصاص پیدا خواهد کرد.
بر اساس ماده 3 قانون جهش تولید و تامین مسکن، صندوق ملی مسکن به منظور ایجاد هم افزایی، تقویت توان حمایتی و تخصیص بهینه منابع مالی بخش مسکن، با کارکرد تجمیع و تخصیص منابع مالی موضوع این قانون، حداکثر تا سه ماه پس از لازم الاجراء شدن این قانون تشکیل شده است.